Ang Pocket-Sized DNA Sequencer ay Nakakuha ng Labis na Tumpak na Katumpakan – Maaaring Makatulong sa Subaybayan ang COVID-19 Virus

Ang mga investigator ay nakakita ng isang madaling paraan upang maalis ang halos lahat ng malawak na ginagamit na mga error sa pagkakasunud-sunod ng portable DNA sequencer, na nagbibigay-daan sa mga siyentipiko na nagtatrabaho sa labas ng lab upang magsaliksik at subaybayan ang mga mikroorganismo tulad ng SARS-CoV-2 mabisang virus.

Gamit ang mga espesyal na tag na molekular, nagawang bawasan ng koponan ang mga error sa aparato ng Minion ng Oxford Nanopore Technologies ng 5 hanggang 15 porsyento na mas mababa sa 0.005 porsyento – o upang masubaybayan ang mahabang mga hibla ng DNA sa paglipas ng panahon.

“Binago ng MinION ang larangan ng genomics sa pamamagitan ng paglabas ng sunud-sunod na DNA sa mga gilid ng malalaking laboratoryo,” sabi ni Ryan Ziels, associate professor of engineering sa University of British Columbia at nangungunang may-akda ng pag-aaral, na inilathala noong Enero 11, 2021, sa Mga Likas na Paraan. “Ngunit sa ngayon, ang mga mananaliksik ay hindi pa nakasalalay sa aparato na ito sa maraming mga lugar dahil sa rate ng error na lumabas sa kahon.”

Ang mga pagkakasunud-sunod ng genome ay maaaring magsiwalat ng tungkol sa katawan, kabilang ang pagkakakilanlan, pinagmulan, lakas at kahinaan. Ginagamit ng mga siyentista ang kaalamang ito upang mas maunawaan ang mga pathogens, pati na rin upang makabuo ng mga tool sa diagnostic at therapeutic. Ngunit nang walang wastong mga sequencer ng DNA, maaaring mapalampas ang pinakamahalagang impormasyon sa genetiko kapag nagsasaliksik sa isang patlang o maliit na laboratoryo.

Kaya’t si Ziels at ang kanyang mga katuwang sa Aalborg University ay nakabuo ng isang natatanging sistema ng pag-coding na maaaring gumawa ng mga pangmatagalang platform sa pag-aaral ng DNA tulad ng MinION higit sa 1000 beses na mas tumpak. Matapos markahan ang mga target na molekula sa mga barcode na ito, nagpatuloy ang mga mananaliksik sa karaniwang paraan – nagpapalaki, o gumagawa ng maraming mga kopya ng naka-tag na mga molekula gamit ang karaniwang proseso ng PCR at sumunod na DNA.

Ang mga mananaliksik ay maaaring gumamit ng mga barcode upang madaling hanapin at makolekta ang mga kaugnay na mga fragment ng DNA mula sa pagkakasunud-sunod ng data, na paglaon ay gumagawa ng isang kumpletong pagkakasunud-sunod mula sa sampung beses na higit na fragmentary kaysa sa proseso ng maginoo na teknolohiya. Pinapayagan ng mahabang mga extension ng DNA ang pagtuklas ng maliliit na mga variant ng genetiko at pakikipag-ugnayan ng genome na may mataas na katumpakan.

“Ang magandang bagay tungkol sa pamamaraang ito ay gumagana ito sa anumang interes ng genetiko na maaring mabuo,” sabi ni Ziels, na ang koponan ang bumuo ng code at protocol para sa pagpoproseso ng impormasyon ng pagkakasunud-sunod na magagamit sa pamamagitan ng mga open source archive. “Nangangahulugan ito na maaari itong maging napaka-kapaki-pakinabang sa anumang larangan kung saan ang kombinasyon ngkawastuhan at ang impormasyong malayuan ay mahalaga, tulad ng pananaliksik sa cancer, pananaliksik sa halaman, genetics ng tao, at microbiology. ”

Ang Ziels ay kasalukuyang nakikipagsosyo sa Metro Vancouver upang bumuo ng isang pinalawak na uri ng system na nagbibigay-daan sa real-time na pagtuklas ng mga pathogens sa tubig at wastewater. Na may tumpak na larawan ng mga microorganism na naroroon sa kanilang mga system ng tubig, sabi ni Ziels, ang mga pamayanan ay maaaring mapabuti ang kanilang mga diskarte sa pangkalusugan sa publiko at mga teknolohiya sa paggamot – at mas mahusay na makontrol ang pagkalat ng mga nakakapinsalang mikroorganismo tulad ng SARS-CoV-2.

Sanggunian: “Mataas na pagbabasa ng katumpakan ng mga amplicon gamit ang iba’t ibang pagkilala sa molekula ng mga pagkakasunud-sunod ng Nanopore o PacBio” nina Søren M. Karst, Ryan M. Ziels, Rasmus H. Kirkegaard, Emil A. Sørensen, Daniel McDonald, Qiyun Zhu, Rob Knen, at Mads 11 Enero 2021, Mga Likas na Paraan.
SEKSYON: 10.1038 / s41592-020-01041-y

Related articles

Comments

LEAVE A REPLY

Please enter your comment!
Please enter your name here

Share article

Latest articles

Mga pagkakasunud-sunod ng 64 Perpektong Mga Genome ng Tao upang mas mahusay na makuha ang pagkakaiba-iba ng genetiko

Gusali ng genome. Utang: NIH Ang Susunod na Mga Genome ng Tao ay Magsisilbing isang Bagong Sanggunian para sa Pagpaplano ng Genetic Genetic at...

Patuloy na sinusubaybayan ng bagong patch ng balat ang mga signal ng cardiovascular at antas ng biochemical

Ang malambot na nababanat na patch na ito ay maaaring sabay na kontrolin ang presyon ng dugo at antas ng biochemical ng isang gumagamit....

Ang unang pandaigdigang pagtatantya na ang kalikasan ay gumagamot ng 41.7 milyong toneladang basura ng tao sa isang taon

Ipinapakita ng larawang ito ang hindi ginagamot na dumi sa alkantarilya malapit sa mga pakikipag-ayos sa Peri-urban Hyderabad. Kredito: Tishat Poonthu Ayon sa mga...

Ang Vitamin B6 ay Makagagamot ng Mga Bagyo sa Cytokine sa COVID-19 at Hindi Mapigilan ang Mga Dugo na Nakaugnay sa Kamatayan

Ang Vitamin B6 ay maaaring makatulong na mapanatili ang mga cytokine cytokine sa COVID-19. Makakatulong ang bitamina B6 na kalmado ang mga bagyo ng cytokine...

Ginagawang madali ng Mga pattern ng Moiré na Madaling Tuklasin ang Hindi Inaasahang Mga Bagong Yugto ng pagkakabukod

Dalawang honeycomb tinirintas ang pagbuo ng pattern ng moire. Kredito: Microwave Nano-Electronics Laboratory, UC Riverside Ang pag-aaral na pinangunahan ng UC Riverside ay nagmamasid...

Newsletter

Subscribe to stay updated.