Ang mga pag-aalala tungkol sa Paglipat ng Coronavirus na Kinumpirma ng Major COVID-19 Survey ng Viral Sequence sa US

Sinusuportahan ng mga mapagkukunang pagkalkula ng Argonne ang pinaka-komprehensibong pagsusuri ng COVID-19 ang mga pagkakasunud-sunod ng genome sa US at tumulong na palakasin ang lumalaking ebidensya ng isang mutation mutation.

nakaraan COVID-19 unang pagpasok sa Estados Unidos noong Marso, nagsimula ang paghahanda ng Houston Methodist Hospital upang masubukan at makontrol ang virus sa isang malaking lawak, dahil sa lumabas na balita mula sa Wuhan, China.

Marso Marso 5, nang ang unang kaso ay natuklasan sa metropolitan Houston, at Hulyo 7, Sinusundan ng doktor / mananaliksik ng Houston Methodist ang genome na lampas 5,085 mga sakit sa viral Ito ang sanhi ng halos 10 porsyento ng COVID-19 mga kaso na naisip 2,400Ang sistemang pangkalusugan ng Houston Methodist, sa panahon ng dalawang magkakahiwalay na alon na naganap sa time frame na iyon.

“99 porsyento hindi 100 porsyento. Kung mayroong isang pagbabago na nagtatala lamang ng isang porsyento ng populasyon, at pinipigilan mo o tinanggal ang karamihan, maaari mong taasan ang ilan sa pag-uugaling iyon sa pamamagitan ng porsyentong iyon, kung ito ay kadiliman o transmissibility, at pagkatapos ng isang iyon magkaibang ballgame. – James Davis, staff scientist sa Argonne

Ang mga kasamahan mula sa University of Texas sa Austin, Weill Cornell Medical College, ang Unibersidad ng Chicago at ang Kagawaran ng Enerhiya ng Estados Unidos (si hart) Ang Argonne National Laboratory ay nakikipagtulungan sa pagtatasa ng data at pagtatangka na makilala ang mga kinalabasan ng pasyente na may mga katangian ng viral.

Ito ang pinaka-komprehensibong pagsusuri ng pagkakasunud-sunod ng viral sa US ngayon at ito ay isa sa pinaka-komprehensibo, patuloy na snapshot ng mga yugto na nagsimula sa pagsiklab, “sabi ni James Davis, isang staff scientist sa Argonne’s Dibisyon ng Agham at Pag-aaral ng Data. NyawangNagbibigay din ito ng isang mas malinaw na larawan kung paano umuusbong ang mga species. “

Sa panahon ng pagsasaliksik, tumulong ang pangkat na patatagin ang lumalaking pang-internasyonal na mga obserbasyon at pag-aalala na ang isang pagtaas ng protina ng spike ng virus ay naging nangingibabaw, pagmamaneho COVID-19Ang mga rate ng paghahatid ay nasaksihan ng pangalawang alon na tumaas sa Houston noong kalagitnaan ng Mayo.

Ang isang papel na nagbabalangkas sa kanilang mga pamamaraan at kahihinatnan ay na-publish sa journal mBIO sa Oktubre 30, 2020.

Ang pagbabago sa pag-uugali – responsable sa pagpasok sa immune system ng tao at ngayon na target ng pagsasaliksik sa bakuna – ay isang amino acid acid tinawag si Gly614 at ito ang resulta ng isang protina, aspartic acid, isa pang mutate, glycine.

Sa mga unang yugto ng sakit na pandemya, Marso hanggang Abril, si Gly614 iba lang sa iba. Ngunit sa panahon ng pangalawang alon noong Mayo, naalaala ni Davis, lahat ng mga kaso na sinundan nila sa Houston Methodist ay ipinakita kay Gly614 nadagdagan sa punto na ito ay naging isang pangunahing amino acid sa spike protein.

Sa katunayan, napatunayan na sobra ito 99 porsyento ng sunud-sunod na mga pagkakaiba-iba.

Ang SARS-CoV-2 Ang virus ay mas proteksiyon, kaya’t tuwing makakakita ka ng mga pagbabago na tulad nito mas kakaiba ito dahil hindi mo nakikita ang maraming mga mutasyon, “aniya. NyawangHindi ako sigurado kung ginagawang mas malupit o madaling gawin ang virus, ngunit nagpapakita ang pag-aaral ng ilang data na nagpapahiwatig na ang mga pasyente na may Gly614 ang mga mutasyon ay may mas mataas na viral load, kahit na hindi nila kailangan ng sakit. “

Nagkataon sa Gly614 ang mga seizure sa pangalawang alon, ang mga pasyente na may mas mataas na peligro, lumilitaw na mas malubhang sintomas, ay malamang na maging Hispanic / Latino, at nakatira sa mga lugar na may mas mababang kita sa gitna. Gayunpaman, ang mga sanhi ay hindi malinaw at inaasahan nila na ang mga mapagkukunan ng pagkalkula ng Argonne upang buksan ang pinto sa mga sanhi.

Ang isang nagtatrabaho na relasyon ay nasa lugar na, ang Houston Methodist ay lumapit kay Argonne para sa tulong sa pag-aralan ang pagkakasunud-sunod ng genome sa 5,000-plus COVID mga pagkakaiba, pati na rin ang mga filogetic test, na nakakakita ng mga pagbabago sa isang organismo o isang tukoy na sangkap sa paglipas ng panahon.

Sa pamamagitan ng kanyang Bioinformatics Resource Center Project, suportado ng National Institute of Allergy and Infectious Diseases, nagbibigay si Argonne ng mga mapagkukunan ng computational at teknikal sa mga katuwang na nagtatrabaho sa maraming mga proyekto sa data na batay sa biological. Sa kasong ito, kinokontrol nito ang mga elemento ng pagsubaybay, at may kasamang kontrol sa kalidad, pagkakasunud-sunod ng genome at pagbuo ng mga puno ng filogenetic.

Para sa isang virus, mayroon itong malaking genome, “sabi ni Davis.samakatuwid, ang proseso ay naging mahal. “Ngunit sa isang arsenal ng mga computer, parehong malaki at super, handa si Argonne na hawakan ang pagdagsa ng data.

Ang iba pang aspeto ng gawaing iyon ay kasangkot sa artipisyal na pamamaraan ng katalinuhan na tinatawag na machine learning. Habang ang pokus ng pag-aaral ng makina sa maraming mga institusyon ng pananaliksik, kasama ang Argonne, ay nakatuon sa pagtukoy kung paano nakikipag-ugnay ang mga gamot. COVID-19, Inaasahan ni Marcus Nguyen na mahulaan kung mahuhulaan ng mga virus ang mga kinalabasan ng pasyente o demograpiko ng pasyente.

Si Nguyen, isang dalubhasa sa pananaliksik na may magkasamang appointment sa Argonne at University of Chicago, ay tumingin sa mga ugnayan sa pagitan ng mga pagkakasunud-sunod ng genome at impormasyon ng pasyente.

Sinanay ng proseso ang isang algorithm ng pag-aaral ng makina ng mga pagkakasunud-sunod ng genomic mula sa Houston Methodist, pati na rin ang nakaraang mga kinalabasan ng pasyente – haba ng pananatili sa ospital, kinakailangan para sa mekanikal na bentilasyon, kamatayan – upang matukoy ang mga kahihinatnan.

Sa kasamaang palad, hindi namin nakuha ang mga resulta na inaasahan namin, “sabi ni Nguyen. NyawangBagaman mayroong ilang mga ugnayan na matatagpuan sa iba’t ibang mga piraso ng metadata ng pasyente, sa palagay ko walang anuman sa genome na nagpapahiwatig ng kinalabasan ng pasyente, kaya dapat may isa pang pangyayari. “

Habang napansin ng grupo ang iba pang mga pagkakaiba sa spike, nagpatuloy ang paghahanap para kay Gly614 upang maunawaan ang pagganyak nito at malaman kung ano ang papel, kung mayroon man, maaari itong gampanan sa mga therapeutic therapies.

Ito ay dapat makatulong sa pag-unlad ng bakuna dahil nagpapakita ito ng maraming iba’t ibang mga ranggo at maraming mga pagkakaiba-iba nakakakuha ka ng isang magandang larawan ng kung ano ang hahanapin sa mga tuntunin ng kung anong mga variant ang nangingibabaw sa populasyon, “aniya. ni Davis.

Kahit na ang virus ay mananatiling medyo malakas, hanggang ngayon, ang pag-aaral na ito – at likas na kasaysayan – ay nagpapahiwatig na isang mutation lamang ang kinakailangan upang makagawa ng isang malakas na epekto sa buhay, kapwa malaki at maliit.

99 hindi porsyento 100 porsyento, ”pahiwatig ni Davis. NyawangKung mayroong isang pagbabago na nagtatala lamang ng isang porsyento ng populasyon, at pinipigilan mo o tinanggal ang karamihan, maaari mong taasan ang ilan sa pag-uugaling iyon sa pamamagitan ng porsyentong iyon, kung ito ay kadiliman o transmissibility, at pagkatapos ng isang iyon magkaibang ballgame.

Ang pananaliksik na ito ay matatagpuan sa artikuloMolekular na Arkitektura ng Maagang Pagkalat at Maramihang mga Waves ng SARS-CoV-2 Virus sa isang Major Metropolitan Area, ”sa mBio, Oktubre 30, 2020. Si Maulik Shukla, ng parehong Argonne at University of Chicago, ay kapwa may-akda.

Basahin ang Coronavirus Genetic Mutation Maaaring Maging COVID-19 Mas Mapanganib para sa higit pa sa pananaliksik na ito.

Sanggunian: “Molekular na Arkitektura ng Maagang Pagkalat at Maramihang Wave sa SARS-CoV-2 Mga Virus sa isang Pangunahing Lugar ng Metropolitan ”ni S. Wesley Long, Randall J. Olsen, Paul A. Christensen, David W. Bernard, James J. Davis, Maulik Shukla, Marcus Nguyen, Matthew Ojeda Saavedra, Prasanti Yerramilli, Layne Pruitt, Sishir Subedi, Hung-Che Kuo, Heather Hendrickson, Ghazaleh Eskandari, Hoang AT Nguyen, J. Hunter Long, Muthiah Kumaraswami, Jule Goike, Daniel Boutz, Jimmy Gollihar, Jason S. McLellan, Chia-Wei Chou, Kamyab Javanmardi, Ilya J .Finkelstein at James M. Musser, 30 Oktubre 2020, mBIO.
DOI: 10.1128 / mBio.02707-20

Pagpopondo ng pananaliksik na ibinigay ng National Institutes of Health (NIH) National Institute of Allergy at Mga Nakakahawang Sakit (NIAID) Mga sentro ng pinagmulan ng bakterya at Viral Bioinformatics.

Related articles

Comments

LEAVE A REPLY

Please enter your comment!
Please enter your name here

Share article

Latest articles

Pagkuha ng Impormasyon sa Kasaysayan ng Neanderthal na Populasyon Gamit ang Sinaunang Nuclear DNA Mula sa Mga Ciment Sediment

Gallery sa lugar ng yungib ng mga estatwa sa hilagang Espanya. Kredito: Javier Trueba - Madrid Scientific Films Ang Mitochondrial DNA ng mga archaic...

Kung Paano Maaaring Lumaki ang Iba Pang Mga Karamdaman na Fungi Sa Maliit na Puwang

Ang isang pangkat na pinangunahan ng Tsukuba University ay natagpuan ang isang makabuluhang pagkakaiba na nagpapaliwanag kung bakit ang ilang mga species ng fungi...

Para sa Mga Tatanggap ng Transplant, Isang Pangatlong Dosis ng Bakuna sa COVID Maaaring Mag-alok ng Mas mahusay na Proteksyon

Ipinakita ng mga mananaliksik sa Johns Hopkins Medicine na tatlong dosis ng bakuna laban sa SARS-CoV-2-ang virus na sanhi ng pagtaas ng antas ng...

Ang mga sigla ng usok na nasa daang siglo na napanatili sa niyebe ay nagbubunyag ng isang maalab na nakaraan – at ang hinaharap...

Inisyu ni Harvard John a. Paulson School of Engineering at Applied Science Hunyo 18, 2021 Ang usok mula sa mga wildfires na gawa ng tao...

Inihanda ng NASA ang “Moonikin” na kumander para sa Artemis 1 lunar na misyon

Sa larawang ito, sinusubukan ng mga inhinyero ang isang pagsubok na panginginig ng boses sa upuan ng Orion at ang Chemini Space Center -...

Newsletter

Subscribe to stay updated.